员工自离后公司是否会起诉，需要根据具体情况分析，核心在于员工自离的行为是否给公司造成了损失以及是否符合法律规定的追责条件，从法律实践来看，公司起诉员工的情况较为少见，但并非不可能，主要涉及劳动合同解除的合法性、损失赔偿以及违约责任等问题。
需明确“自离”的法律性质，根据《劳动合同法》，员工解除劳动合同应提前30日书面通知用人单位（试用期内提前3日），这是员工的法定权利，若员工未履行通知义务擅自离职，属于违法解除劳动合同，公司有权要求其赔偿损失，但“损失”需有明确依据，包括公司为招聘该员工支出的费用、支付的培训费用（有约定服务期）、因员工离职导致的生产经营损失等，且公司需举证证明损失的实际存在及因果关系，若员工掌握核心技术或核心客户资源，突然离职导致公司项目停滞或客户流失，公司可主张经济损失赔偿，但需提供详细的损失证据，如项目合同、财务记录、客户沟通记录等。
公司起诉的动机通常与成本效益相关，诉讼需要时间、金钱和人力成本，若员工自离后已离职且无财产可供执行，公司即便胜诉也可能面临“赢了官司拿不到钱”的局面，公司更倾向于通过内部管理手段解决问题，如要求员工办理工作交接、结清工资（自离期间工资可酌情扣除，但不得低于最低工资标准），或在员工档案中记录自离行为，影响其未来就业，若员工自离涉及违反竞业限制、泄露商业秘密等约定，公司可能通过劳动仲裁或诉讼追究违约责任或侵权责任，此时公司举证难度相对较低,且可能获得实际赔偿。
需注意公司自身的管理责任，若公司存在未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社会保险、未提供劳动保护或劳动条件等违法行为，员工自离可能被视为被迫解除劳动合同，此时公司不仅不能起诉员工，还需支付经济补偿金，公司是否起诉员工,也与其自身用工合规性密切相关。
以下是员工自离后公司可能采取的措施及法律后果的对比分析：
| 情形 | 公司可采取的措施 | 法律依据 | 注意事项 |
|---|---|---|---|
| 员工未提前通知擅自离职 | 要求赔偿损失（招聘费、培训费等） | 《劳动合同法》第90条 | 需证明损失存在及因果关系 |
| 员工自离导致公司业务中断 | 主张生产经营损失赔偿 | 《工资支付暂行规定》第16条 | 损失需合理且有证据支持 |
| 员工违反竞业限制约定 | 要求支付违约金、停止侵权 | 《劳动合同法》第23-24条 | 需有明确的竞业限制协议 |
| 公司存在违法行为导致员工自离 | 支付经济补偿金，不得追责 | 《劳动合同法》第38条 | 公司需先解决自身违法问题 |
相关问答FAQs：
Q1：员工自离后，公司可以不发放工资吗？
A：不可以，根据《工资支付暂行规定》，员工提供了正常劳动的，公司应支付劳动报酬，即使员工自离，公司也需结清其自离前实际工作的工资，但可扣除未办理交接造成损失的部分（需有明确证据），若公司以自离为由拒发工资,员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
Q2：员工自离职后，公司能否在其档案中记录“自离”并影响其再就业？
A：公司有权如实记录员工离职原因，但不得捏造事实或恶意诋毁，若记录内容与事实不符（如将正常离职记录为“自离”），侵犯员工名誉权，员工可要求更正并要求赔偿，公司应依据《劳动合同法》规定出具离职证明,不得附加不利于员工再就业的条件。
